Sejarah Desa Banjareja berkaitan erat dengan perjuangan Pangeran Diponegoro. Salah satu prajuritnya yang bernama Nur Besari turut berperan dalam pembentukan desa ini. Dalam sejarah, banyak prajurit Pangeran Diponegoro yang memiliki nama "Nur," yang berarti cahaya. Beberapa di antaranya adalah Nurdaiman, yang berjuang dalam pendirian Kabupaten Cilacap, Nur Hakim, seorang ulama besar yang menetap di Desa Pasir Luhur, Kecamatan Karangloas, Kabupaten Banyumas, dan Nur Besari, yang kemudian menjadi tokoh pendiri Desa Banjareja.
Ketika Pangeran Diponegoro ditangkap oleh penjajah Belanda dan diasingkan ke Digul, para prajuritnya terpaksa menyelamatkan diri. Nur Besari melarikan diri ke arah barat hingga ke Desa Puring, Kabupaten Kebumen. Di sana, ia menikah dengan seorang gadis setempat. Namun, karena kecemburuan saudara iparnya yang merasa tersaingi oleh kebaikan budi Nur Besari, ia akhirnya diusir dari desa tersebut. Bersama istrinya, ia melanjutkan perjalanan ke barat dan akhirnya menetap di Desa Kalipoh, Kecamatan Ayah, Kabupaten Kebumen.
Di Desa Kalipoh, Nur Besari bekerja sebagai tukang dayung perahu di Sungai Kedungbenda. Pada masa itu, masyarakat setempat memiliki tradisi tahunan bernama "Rambangan," yaitu upacara selamatan dengan menampilkan tarian Calung di atas perahu yang diarak dari Kedungbenda hingga Ayah.
Suatu hari, Residen Banyumas berkeliling wilayahnya untuk mencari lahan subur yang dapat dijadikan area pertanian. Saat tiba di lokasi pelaksanaan Rambangan, ia tertarik dengan sebuah kawasan di pertemuan tiga sungai, yaitu Sungai Kedungbenda, Karang Sembung, dan Ayah, yang dikenal sebagai "Patuk." Ia bertanya kepada Nur Besari apakah ada orang yang berani membuka hutan di daerah tersebut untuk dijadikan lahan pertanian. Nur Besari menjelaskan bahwa wilayah itu masih dianggap angker karena terdapat pohon jati bernama "Jatibungkus." Konon, daun pohon ini yang jatuh ke tanah akan berubah menjadi harimau, sementara yang jatuh ke sungai akan menjadi buaya. Oleh karena itu, tidak ada yang berani menebang hutan tersebut.
Namun, Residen Banyumas mendorong Nur Besari untuk menaklukkan wilayah tersebut. Dengan tekad kuat, Nur Besari akhirnya membuka hutan tersebut dan mengubahnya menjadi lahan pertanian yang subur serta permukiman penduduk. Hasil jerih payahnya itu kemudian berkembang menjadi sebuah desa yang diberi nama "Jetis."
Setelah Nur Besari wafat, ia dimakamkan di Desa Jetis. Seiring waktu, karena wilayah Desa Jetis semakin luas, desa tersebut akhirnya dimekarkan menjadi dua desa. Desa yang baru diberi nama "Banjareja," yang berasal dari kata "Banjar," yang berarti daerah atau tempat, dan "Reja," yang berarti makmur. Dengan demikian, Banjareja memiliki makna sebagai desa yang makmur. Pemimpin pertama Desa Banjareja adalah Kamaluddin, yang merupakan keturunan dari Nur Besari.
